Renvoyés en jugement devant la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral, deux prévenus se font notifier une « double citation à comparaître » à des premiers ainsi qu'à d'éventuels seconds débats débutant le lendemain des premiers qui se tiendraient uniquement en cas de défaut à ceux-ci. Jugés par défaut ensuite d’absences considérées comme n’étant pas excusables aux premiers puis aux seconds débats de première instance, ils forment appel concluant à l’annulation de cette condamnation et à la répétition des débats de première instance, au motif que la citation à comparaître aux débats n’aurait pas été notifiée en bonne et due forme, lequel est admis sur la base de l’article 409 CPP. Le MPC et les parties plaignantes interjettent recours auprès du Tribunal fédéral, lequel retient qu’une citation à comparaître viciée ne saurait être qualifié – en l’espèce – « d’important » au sens de l'article 409 al. 1 CPP. Le Tribunal fédéral retient en effet que dans la mesure où les conditions de l'engagement d'une procédure par défaut étaient déjà réunies à l'issue de la première audience, l'existence d'une citation simultanée pour des premiers et des seconds débats, débutant à un jour d'intervalle, ne constituait pas en l'espèce une circonstance propre à justifier l'annulation du jugement de première instance.

Dans le contexte de la procédure par défaut, l’article 368 al. 3 CPP prévoit que le tribunal rejette la demande de nouveau jugement lorsque le condamné, dûment cité, fait défaut aux débats sans excuse valable. En dépit des termes « sans excuse valable », seule une absence fautive du condamné, impliquant que ce dernier se soit soustrait aux débats de façon manifestement fautive, permet au tribunal de rejeter la demande de nouveau jugement. Une absence du prévenu aux débats en raison d’une prétendue impossibilité de se présenter à des audiences à partir d'une date antérieure aux débats figurant dans un certificat médical postérieur à ceux-ci et émanant en outre d'un praticien n’étant pas le médecin traitant du prévenu a par exemple été jugée comme étant fautive. Recours rejeté en l’occurrence faute pour le prévenu d’avoir démontré une « excuse valable ».

En cas d’opposition du prévenu à une ordonnance pénale, le Ministère public peut, après l’administration des preuves, rendre une nouvelle ordonnance pénale ou renvoyer le prévenu en accusation devant le tribunal de première instance. Il n’est alors pas lié par son ordonnance pénale initiale. Le Ministère public peut ainsi procéder à une nouvelle qualification juridique des faits. Dans cette hypothèse, l’éventuel retrait de l’opposition est sans effet et la procédure se poursuit.