Les dispositions concernant l'entraide judiciaire nationale (art. 43 à 48 CPP, en lien avec les art. 194 et 195 CPP) priment impérativement, en tant que leges speciales, les normes relatives à l’obligation de dépôt (art. 265 CPP) et au séquestre (art. 263 al. 1 let. d CPP).

L'interdiction d'exploiter de l'art. 147 al. 4 CPP est limitée en ce qui concerne son but et la personne visée : des déclarations peuvent être inexploitables à l'égard d'un prévenu mais pas des autres. L'absence de réquisition tendant à entendre les témoins vaut renonciation à une confrontation. Une personne est entendue comme témoin lorsqu'elle n'a pas participé à l'infraction à élucider. Une administration directe des preuves en appel est requise si la connaissance directe du moyen de preuve apparaît comme nécessaire au prononcé du jugement. L'homicide lors d'un brigandage est le cas typique de l'assassinat.

Le droit à l'accès au dossier n'est pas absolu et ne confère pas le droit de se voir notifier les pièces à domicile, bien que souvent les dossiers sont remis aux avocats (qui bénéficie d'une présomption en faveur de la réception en mains propres). La procédure de scellés tend à soustraire des données protégées par un secret de la connaissance des autorités pénales et des tiers. Si un risque de divulgation existe, il appartient au TMC de prendre des mesures pour le prévenir. La nature de la procédure de scellés impose à l'égard des participants non représentés que la règle générale s'applique, à savoir que la consultation soit mise en œuvre au siège de l'autorité.