Le Tribunal fédéral précise que ce n’est que dans des cas exceptionnels que les moyens de preuves recueillis en violation de l’art. 131 CPP sont retirés préalablement du dossier. Il convient d’établir dans la procédure devant le Tribunal fédéral que les conditions sont remplies. Sinon, il faut partir du principe que le tribunal se prononçant sur le fond est en mesure de faire la distinction entre les preuves exploitables et celles qui ne le sont pas et de se baser exclusivement sur les preuves exploitables pour son jugement.

Le Tribunal fédéral confirme sa jurisprudence actuelle selon laquelle il est possible de renoncer tacitement à des droits de participation et de confrontation. Bien que le prévenu n’ait pas encore eu de droit de participation aux auditions en question, faute de soupçon d’infraction, la défense a par la suite renoncé à déposer une demande de répétition ou de confrontation, ce qui a rendu les auditions en question exploitables contre le prévenu.

Le Tribunal fédéral est amené à délimiter les exigences formelles et matérielles relatives à la déclaration de constitution de partie plaignante, notamment en cas d’infractions poursuivies d’office. Le lésé doit exprimer clairement sa volonté de prendre part comme demandeur à la procédure au pénal et au civil et sa volonté de prendre des conclusions civiles dans le cadre de la procédure pénale, au plus tard avant la clôture de la procédure préliminaire. Requérir, dans le cadre d'une plainte pénale, que la personne dénoncée soit « poursuivie et punie » est insuffisant.

Dès que le Ministère public annonce la clôture de l'instruction, l’accès au dossier ne peut plus être refusé au prévenu que dans un cadre limité. Dans tous les cas, il faut partir du principe que les preuves principales ont déjà été administrées, faute de quoi la clôture de l'instruction ne pourrait pas être annoncée.

La pratique du TPF – copie forensique réalisée par un service spécialisé et transmise au TPF, malgré la demande d'apposition de scellés – ne respecte pas les garanties légales minimales. Lorsqu'une demande d'apposition de scellés est reçue, les supports doivent être immédiatement mis sous scellés et, si une copie s'avère appropriée, l'autorité d'instruction doit, après avoir apposé les scellés, déposer une demande de copie au TPF et charger un organisme spécialisé : il faut veiller à ce que l'autorité d'instruction ne soit en aucun cas impliquée et qu'elle n'ait pas la possibilité d'accéder aux données jusqu'à la décision de déblocage.

Le Tribunal fédéral constate que le défenseur peut recevoir et transmettre de la correspondance venant d’une personne en détention provisoire à un collaborateur de la police sans abuser du privilège du défenseur. Des restrictions à la libre communication avec la défense ne peuvent pas ensuite être ordonnées pour cette raison.

Une juge unique donne lecture du dispositif du jugement immédiatement après les plaidoiries, sans s'être au préalable retirée avec son greffier pour délibérer. Un tel procédé justifie de redouter une activité partiale de la magistrate intimée. La demande de récusation est admise.

Le Tribunal fédéral est appelé à analyser les circonstances (dont l’existence est niée en l’espèce) dans lesquelles une violation des droits de la défense – en l’occurrence du droit à la désignation d’un défenseur d’office en première instance – est suffisamment grave pour justifier l’application de l’article 409 CPP – conférant exceptionnellement à l’appel un effet cassatoire – et ainsi entraîner le renvoi de la cause à l’autorité de première instance pour qu’elle tienne de nouveaux débats puis rende un nouveau jugement. Le Tribunal fédéral rappelle que le respect des exigences du procès équitable s'apprécie au cas par cas, au regard de la conduite de la procédure dans son ensemble, le non-respect du droit à l'assistance d'un avocat n'entraînant ainsi pas nécessairement l'annulation de la condamnation pénale. Il tranche à cet égard une querelle doctrinale en relation avec l’article 409 CPP.

Conformément au texte clair de la loi, l’appréciation des questions de récusation qui concernent le Ministère public doit être faite de manière uniforme, au niveau cantonal, par une instance hiérarchiquement supérieure au Ministère public et institutionnellement indépendante. L’instance de recours est compétente en la matière.

En matière de perquisitions et de levée des scellés, le principe de "l'utilité potentielle" et le devoir de collaboration accru (incombant à l'ayant droit) jouent un rôle essentiel. En présence d'une motivation spécifique, l'ayant droit doit pouvoir consulter les pièces sous scellés, afin de pouvoir indiquer lesquelles sont protégées par un secret. S'agissant du secret professionnel de l'avocat, il peut être invoquer seulement en présence d'une activité typique de cette profession.